Mapoteca es una sección que forma parte de las Colecciones Especiales de la Biblioteca Nacional. Reúne mapas, planos y atlas que dan cuenta de la cartografía histórica, tanto de Chile como internacional, y también cartografía actual de las instituciones oficiales del país. Es así como, a través de depósito legal recibe constantemente material proveniente del Instituto Geográfico Militar (IGM) y el Servicio Hidrográfico y Oceanográfico de la Armada (SHOA).

Es así como durante el 2023, a la colección SHOA de la BNd fueron incorporados 14 títulos (12 de ellos se pueden visualizar con restricciones según lo que establece la Ley de Propiedad Intelectual) y a la colección IGM se sumaron 178 títulos (todos de visualización restringida). Estos documentos se pueden revisar solamente en computadores dentro de la Biblioteca Nacional o puntos de acceso remoto de la BNd localizados en bibliotecas y archivos a lo largo de Chile.

Entre el material de acceso abierto -que se puede visualizar y descargar libremente- se pueden encontrar 120 títulos que fueron agregados a la Colección General (además de 1 objeto restringido), 7 títulos que fueron sumados a la colección Atlas y 1 título que ahora se puede revisar desde la colección Mapas Extranjeros.

Dentro de los objetos digitales destaca Atlas arqueológico de Isla de Pascua (1981), de Claudio Cristino Ferrando, Patricia Vargas Casanova y Roberto Izaurieta San Juan.