La Sección Fondo General nace con los primeros pasos de la Biblioteca Nacional de Chile puesto que las colecciones más relevantes y antiguas de ésta son las que el Gobierno adquirió a ilustres intelectuales u organismos del país, como son aquellas dejadas por la Orden Jesuita luego de su expulsión de los territorios de América, las donaciones de particulares y otras sacadas de la aduana y no reclamadas por sus dueños o capturadas como presa de la fragata María Isabel (octubre de 1818).
Posteriormente, la colección de la Biblioteca Nacional – y la de la Sección Fondo General – fue enriquecida con la adquisición de importantes bibliotecas particulares de ilustres intelectuales chilenos y extranjeros como Mariano Egaña, Benjamín Vicuña Mackenna, Andrés Bello, Claudio Gay, etc.
Durante la administración de Luis Montt y Montt (1886-1909) se organizó la Biblioteca Nacional en 5 secciones: Fondo General, Lectura a Domicilio, Manuscritos, Estampas y Medalla, Servicio Público, y Canje y Encuadernación. Pareciera ser que esta fecha es la que da inicio oficial a la Sección Fondo General tal como se la conoce en la actualidad.
Además de mantener y desarrollar una colección de obras de autores extranjeros que sirva de apoyo a la investigación nacional en el área de ciencias sociales y humanidades, es complemento de la bibliografía nacional, con el objeto de contribuir al desarrollo cultural del país y de esparcimiento de su gente.